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Linux服务器安装pytorch和scanpy流程

2025年02月20日 Linux 我要评论
linux安装pytorch和scanpy装了六天,终于装上了,含泪记录最近在看一篇论文,准备跑一下他的开源代码,依赖的包如下:最终版安装tips1.新建环境并激活:conda create -n e

linux安装pytorch和scanpy

装了六天,终于装上了,含泪记录

最近在看一篇论文,准备跑一下他的开源代码,依赖的包如下:

最终版安装tips

  • 1.新建环境并激活:
conda create -n env_name python=3.8.1
conda activate env_name
  • 2.安装pytorch,要对应好自己的cuda版本,最好参考官网的安装命令:
conda install pytorch torchvision torchaudio pytorch-cuda=11.7 -c pytorch -c nvidia

上面的命令会将numpy一起安装了。

  • 3.安装scanpy:
conda install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg

上面的命令会把hdf5、h5py、pandas、scipy、sklearn一起安装了。

  • 4.检验是否安装成功:

安装辛酸史

向大家展示一下我艰难的安装之旅:

  • 在我的电脑的conda新建一个环境,然后挨个安装。安装的时候严格按照每个包的版本号来安装的,但是在安装的时候h5py装上了就是import不了,遂删除环境。
  • 单独在电脑上安装了hdf5,再重新安装新的环境,h5py能用了,但在pycharm中用该环境跑代码时,import scanpy老是报错,说是元组冲突,遂删除环境。
  • 创建一个新环境,首先直接安装scanpy,发现在安装的时候h5py、numpy、sklearn这些包也一并安装上了,再安装pytorch就行了。再运行代码,import部分终于过了,可是我安装的pytorch是cpu版本的,跑不了,并且电脑没有nvidia显卡,遂放弃用电脑安装,转战实验室的服务器。
  • 在服务器上按照上述步骤重新安装,但安装完scanpy,再安装1.6.0的pytorch,conda就显示conflict,只能安装更高版本的pytorch,但cuda版本是10.1,它所支持的pytorch包都conflict了,遂删除环境重新安装cuda至11.7(这个安了一天还是没弄好,请师兄帮忙才弄好的)。

  • 创建一个新环境,先安装scanpy,再安装pytorch,这下该好了吧?哼哼!结果确实能import,但pytorch的cuda还是不能用啊啊啊啊_(:зゝ∠)_(之前在服务器上装也是不能用,还以为只是cuda版本的问题),遂删除环境。

  • 创建一个新环境,先安装pytorch,再安装scanpy(其余的包在安装这俩的时候也安上了,也不用担心包冲突了),终于能用了,撒花!

总结

以上为个人经验,希望能给大家一个参考,也希望大家多多支持代码网。

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