我要评论如果你需要通过 su 命令切换用户后激活 conda 环境，可以按照以下步骤操作：
1. 使用 su 切换到目标用户并激活环境
在终端中，直接使用 su 切换到目标用户（普通用户），然后激活 conda 环境：
su - username
此命令的作用：
- 切换到
username用户。 - 使用
-确保加载目标用户的环境（包括.bashrc或.bash_profile）。
接着激活 conda 环境：
conda activate <environment_name>
如果 conda 没有添加到 path 环境变量，请先加载 conda 环境：
source /home/username/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh conda activate <environment_name>
2. 一步切换用户并激活环境
可以将 su 和 conda 激活命令合并为一条命令：
su - username -c "source /home/username/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh && conda activate <environment_name> && bash"
解释：
su - username: 切换到目标用户。-c "...": 执行后续命令。source ...: 加载 conda 环境脚本。conda activate ...: 激活指定的 conda 环境。&& bash: 进入用户的 shell（带激活的环境）。
3. 保持当前 shell 激活 conda 环境
如果你只想暂时切换用户并激活 conda 环境，可以运行以下命令，而不进入交互式 shell：
su - username -c "source /home/username/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh && conda activate <environment_name> && python --version"
这种方式适合执行特定任务，例如运行 python 脚本或执行环境中的命令。
4. 配置 su 切换后自动加载 conda
为目标用户配置 conda 环境的自动加载，在目标用户的 ~/.bashrc 或 ~/.bash_profile 文件中添加：
报错： su: invalid option – ‘n’ 原因为命令没有加上引号
错误 su: 无效选项 – ‘n’ 发生是因为 su 命令将 -n 参数（来自 conda run 命令）解释为自己选项，而不是您要执行的命令的选项。
要解决这个问题，您需要确保传递给 su 的命令被正确引用，以便将其视为单个参数。
这里是修正后的命令：
su - nginx -c "/home/nginx/miniconda3/bin/conda run -n crisprcasfinder perl crisprcasfinder.pl -in /data/website_data/data_assets/genomics_begoniaceae/private/crispr/job/crisprcasfinder_tzyzd2l0/melioribacterroseus.fasta -out crisprcasfinder_tzyzd2l0 -nomism"
说明：
su - nginx：切换到 nginx 用户，加载其环境。
-c：在切换用户后执行单个命令。
引号内的完整命令：确保在-c 之后的所有内容被视为一个单独的字符串，并将其作为单个命令传递给 shell。
附加说明：
确保 conda 的 path 或完整路径：
如果 conda 不在 nginx 用户的 path 中，请确保提供 conda 的完整路径，如修正后的命令所示。
权限检查：
确保 nginx 用户有执行 perl 脚本和访问所需文件及目录的正确权限。
激活环境（可选）：如果 conda 运行命令未按预期工作，您可能需要在运行脚本之前显式激活环境。您可以按以下方式调整命令：
su - nginx -c "source /home/nginx/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh && conda activate crisprcasfinder && perl crisprcasfinder.pl -in /data/website_data/data_assets/genomics_begoniaceae/private/crispr/job/crisprcasfinder_tzyzd2l0/melioribacterroseus.fasta -out crisprcasfinder_tzyzd2l0 -nomism"
这确保在执行 perl 脚本之前，crisprcasfinder 环境已正确激活。
到此这篇关于dockerfile中su命令切换用户激活环境，报错su: invalid option -- ‘n‘的文章就介绍到这了,更多相关dockerfile su命令内容请搜索代码网以前的文章或继续浏览下面的相关文章希望大家以后多多支持代码网！
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